首先肉眼觀察培養液是否變渾濁，如果變渾濁，基本可以確定是污染；如果肉眼觀察培養液沒有變渾濁：在顯微鏡下觀察黑點大小和形狀是否規則，是否運動，是做布朗運動還是呈直線型快速移動。如果黑點大小不規則，做布朗運動，黑點可能是細胞碎片（可能是細胞狀態不佳或者消化過度引起的），也可能是血清反復凍融產生的蛋白沉淀引起的，也可能是細胞的代謝產物。如果黑點大小一致，快速移動，很可能是細菌污染。

掌握細胞傳代的最佳時機，不要細胞長老了再傳代；掌握好消化時間，防止消化過度產生細胞碎片；減少血清等試劑的凍融次數；將培養液的PH調到最佳；嚴格控制水質和器皿的清潔。

如果判定黑點是污染，請及時將細胞處理后丟棄。其他情況，可參照以下進行：

如果是懸浮細胞：收集細胞上清慢速離心（500-600 rpm/min，5-6 min）并更換新的培養瓶；如果是貼壁細胞：將細胞用PBS洗2-3遍，洗的時候，輕輕拍打培養瓶，讓貼壁不牢的碎片和顆粒脫落，再棄去PBS，消化時先加低濃度的胰酶如0.05%胰酶消化1 min左右，讓細胞間隙中的顆粒和碎片脫落下來，去掉低濃度胰酶，然后正常消化細胞，將收集的細胞懸液慢速離心（500-600 rpm/min，5-6 min）并更換新的培養瓶，并可以嘗試適當增加血清濃度進行培養。